Buscando alguna solución a modificar la propiedad CSS hover de todos los link de un documento dinámicamente solo encontraba códigos que añadían una función a los originales para cambiar su color en vez de modificar los datos del CSS.
La única solución fiable que he encontrado ha sido usar una modificación añadiendo una nueva regla de color dinámicamente a la ultima hoja de estilo, lo que puede hacerse a los link normales, hover y cualquier otra cosa..

El siguiente código modifica la propiedad hover de un link cambiando su color a #555.